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匿名举报短信是否会被反查，需要根据具体情况来判断。
如果是正常的举报行为，比如举报某个人的违法行为或者某个组织的非法活动，那么通常不会被反查，但如果是恶意举报或者举报内容涉及到敏感信息，可能会引起相关部门的注意并进行反查。
反查的方式和程度也会因地区和具体情况而异，在一些情况下，相关部门可能会通过技术手段对匿名举报短信进行溯源，以确认举报人的身份，但如果匿名举报者采取了充分的保护措施，比如使用加密技术或者虚拟号码等，那么反查的难度就会加大。
无论是否会被反查，举报是一项重要的社会监督行为，但需要注意合法性和真实性，避免恶意举报和虚假举报，为了保护自己的隐私和安全，匿名举报者也需要采取充分的保护措施。